Dabei handelt es sich um unternehmensinterne Abläufe und Kontrollen, die überwachen, dass alle Handlungen innerhalb eines Unternehmens etwaigen externen und/oder internen rechtlichen Vorgaben stattfinden. Ein funktionierendes internes Kontrollsystem hilft, etwaige Abweichungen zu erkennen und bestenfalls zu vermeiden. Dies geschieht häufig IT-basiert.
Eine wesentlicher Bestandteil der klassischen Tätigkeit eines Wirtschaftsprüfer ist die Prüfung des Internen Kontrollsystems von Unternehmen. Wirtschaftsprüfer können auch bei deren Ausgestaltung und Umsetzung beratend tätig werden. Selbstverständlich ist das Selbstprüfungsverbot zu beachten.